据媒体报道，除民生、中信等部分股份制银行在试运行期间暂不收费外，中行、建行、招行等对跨行互联网转账等服务仍收取一定的手续费。

中行、建行跨行互联网转账收费标准与原有跨行转账收费相同。建行客服人员称，试运行期间针对他行查询、转账签约实行免费，3个月后按照每月3元的费用收取，但跨行转账不会免费，目前无论建行转他行，还是他行转建行，手续费均由建行收取，收费标准为转账金额的0.5%，更低2元，更高50元。跨行查询不收费。

如此五花八门的收费标准，怪不得超级网银上线当大多储户持低调旁观态度。

时代商报评论，没有人怀疑“超级网银”整合各商业银行，给予人们多银行账户查询、管理和结算的多功能服务。但是，便捷高效并非公众的唯一要求，银行乱收费所致的成本增加才是人们更关心的问题。但“超级网银”恰恰在此问题上让人兴味寡然。它给予人们的承诺只是跨行查询暂时免费，这个“暂免”也就成了广而告之，变成了招纳公众“入伙”的策略诱惑。人们不观望才怪！

据每经济新闻报道，超级网银能否衍生超值公共利益，减少国有银行资源内耗等问题，关键和核心在于收费。“推广期内暂时免费”，过了推广期应当就会收费，不过如何收费、收费标准是什么，暂时都不得而知。这就让公众有点焦虑和担忧了。

针对此前，有媒体称"超级网银将成为第三方支付的终结者"。

据媒体报道有关国有商业银行电子银行部负责人表示，“目前还很难说会对第三方支付公司产生大的冲击。"第三方支付公司已经有了相对固定的客户群，并且提供的服务也比较多样和人性化。

也有第三方支付公司则表示，会发展与银行差异化竞争的服务，两者之间不会产生冲突。

易观国际分析师认为,《支付业务许可证》发放不会对目前国内第三方支付市场格局造成太大影响，目前国内排名靠前的第三方支付企业不出意外都将通过，被淘汰的主要是一些在市场竞争中处于劣势的小企业。