方舟子现正在美国，抗诉申请书由方玄昌及律师代交。申请书称，一审判决认定肖传国“随意殴打他人”，明显与事实不符。肖传国的供述及其他证据足以说明，对加害两位被害人，肖传国是蓄谋已久，犯罪对象确定，没有任何“随意”的因素；此事实被告人及辩护人也均认同。一审判决遗漏了肖传国告诉凶手“被害人的行踪”、被害人照片附言住所信息后特别标注“电梯里有录像”、行凶者得到“石景山这个要打重一点”指令等重要事实，隐瞒了肖传国的直接犯罪故意和极大的阴险恶意。申请书还对一审认定的肖传国犯罪意图、动机提出异议。申请书称，被告人行凶的目的是取两位被害人的性命，而不是故意伤害。司法机关应将案件定性为“故意杀人未遂”，而不能听信被告人为减轻自己的罪责而承认的“故意伤害”的辩解。

对于一审结果，方舟子和方玄昌在申请书中表示，一审作出的极其从轻的刑罚，同其他众多司法案例相比，明显量刑畸轻，一审也没有考虑案件的连续犯罪情节，没有依司法实践惯例对连续犯酌情从重惩处。